Kamień pod budowę kościoła położono 4 maja 1913 roku z myślą o rozrastającym się garnizonie wojskowym. Budowany był przez ówczesne władze pruskie według projektu Ludwika Dihma z Berlina. Budowla ma charakter trzynawowego kościoła gotyckiego, nawiązująca do architektury gotyckiej krajów pobrzeża Bałtyku. Długość kościoła to 41 m, szerokość 19, a sklepienie zbudowane jest na wysokości od 7,4 do 16,3 m nad podłogą. Świątynię zdobią dwie wieże o wysokości 58 m.
Wobec rozrastającej się wspólnoty ewangelickiej świątynia na Starym Mieście okazała się niewystarczająca; stąd gmina ewangelicka zawarła umowę z władzami wojskowymi w sprawie wynajmowania dla niej kościoła garnizonowego. I tak do 1945 roku kościół służył ewangelikom – cywilnym i wojskowym. Jednak jak wynika z relacji miejscowej ludności odprawiano w nim również nabożeństwa katolickie. Po roku 1945 Kościół został przejęty w administrowanie Wojska Polskiego na cele kultu. Konsekracji dokonał ówczesny ordynariusz diecezji Teodor Bensch.
Do roku 2009 była to parafia typowo garnizonowa. W skutek jednak reorganizacji wojska w Olsztynie parafia w tymże roku staje się wojskowo-cywilną. Od dnia 01 stycznia 2014 jest już parafią cywilną. Kościół pozostaje przy nazwie: Parafia Rzymskokatolicka pw. NMP Królowej Polski i Świętych Archaniołów Michała, Gabriela i Rafała.
Należy wspomnieć także o zabytkowym wyposażeniu Kościoła.
Ołtarz główny autorstwa Hugona Buergera z Berlina wykonany jest z drewna. Posiada wartościową rzeźbę Wieczerzy Pańskiej. Nad ołtarzem znajduje się olbrzymi ponad 2,5 m krucyfiks rzeźbiony w drewnie. Po II wojnie światowej dodano do ołtarza obraz Matki Boskiej Częstochowskiej. Prezbiterium ozdabiają neogotyckie malowidła apostołów wykonane przez P. Asbach’a z Berlina w 1914 roku.
Ołtarze boczne także drewniane wykonane przez H. Bleniarza i J. Stojaka wykonane zostały po II wojnie światowej. Ołtarze posiadają duże obrazy: po lewej stronie Matki Boskiej Ostrobramskiej, po prawej św. Antoniego autorstwa Edwarda Grajewskiego z Gniezna.
Organy wybudowane przez firmę organmistrzowską Witteka z Elbląga w 1914 roku, uważane były przed II wojną światową za najlepsze w Prusach Wschodnich. Instrument o trakturze gry oraz rejestracji pneumatycznej. Posiada 43 głosy podzielone między 3 manuały i pedał oraz miech z możliwością kalikowania. Prospekt organowy – neogotycki, zdobiony malarskimi motywami roślinnymi i postaciami dwóch aniołów po bokach prospektu.
Warto też zwrócić uwagę na polichromie korpusu nawowego; powstały w latach 1957-58 i wykonane zostały przez dwóch artystów Edwarda Kochanowskiego i Czesława Machnickiego z PSP w Olsztynie. W treści nawiązują do powojennego użytkownika kościoła – Wojska Polskiego (cykl przedstawień świętych trzymających urny z prochami z pól bitewnych II wojny światowej). Niewątpliwie na uwagę zasługuje utrzymanie tych malowideł w manierze socrealistycznej, zarówno w treści (szlak bojowy LWP), jak i w formie (monumentalizm postaci, realizm). Bez wątpienia zbiór ten jest nielicznym przykładem stosowania form socrealistycznych w sztuce religijnej. Polichromię korpusu nawowego dokończono w 1969 roku. Jednakże uzupełnienia te nie przedstawiają żadnej wartości artystycznej i historycznej.